Гонококки, попав на слизистую оболочку мочеиспускательного канала или на шейку матки, через различные промежутки времени (инкубационный период от 3 до 5 суток) вызывают в них воспалительный процесс. Реже наблюдается более короткий инкубационный период.

Инкубационный период свыше 5 суток, не редкое явление, особенно у женщин. Длительность инкубационного периода зависит от количества возбудителей, степени их патогенности (болезнетворности), от восприимчивости заражаемого организма к возбудителю, состояния и свойств слизистых оболочек, на которые попадают гонококки. На слизистой оболочке они размножаются, такой путь распространения гонококковой инфекции называется контаминным. Возможно распространение и по лимфатическим путям.

Если гонококки попадают в кровь (микротравмы слизистой оболочки во время полового акта, менструации), они быстро погибают в результате особых защитных ее свойств.

Из мочеиспускательного канала гонококки могут проникать в придатки яичка, предстательную железу, семенные пузырьки, придатки матки, прямую кишку. Наблюдается гонококковая инфекция с локализацией в отдаленных местах от первичного очага поражения (в суставах, сердечной мышце, брюшине и т. п.). Все это относится к осложненным формам гонококковой инфекции. Гонококки относятся к парным коккам, которые расположены друг к другу вогнутыми сторонами, неподвижны. Размножаются гонококки путем деления на равные части. Внутриклеточное расположение гонококков является важным признаком, который используется при распознавании гонореи. Внутри клетки (лейкоцита) гонококки размножаются, разрушают лейцкоциты, поэтому внеклеточное расположение гонококка не исключает гонорею. На жизнеспособность гонококков влияют многие внешние факторы. Во влажной среде они сохраняют жизнеспособность. Оптимальной температурой для развития гонококка является температура тела человека.

Врожденной или приобретенной невосприимчивости к гонококкам или продуктам их распада в организме человека не вырабатывается. Человек, переболевший гонореей, снова заболевает при повторном заражении. Конечно, организм не остается безразличным к внедрению гонококковой инфекции. Образование антител в сыворотке второй недели. Спустя 6 месяцев антитела исчезают полностью. Защитная роль этих антител незначительна.

Основными формами гонококковой инфекции у мужчин являются острая и хроническая гонореи. Наиболее частым местом развития острой гонореи считается мочеиспускательный канал. Гонореей поражается преимущественно передний отдел мочеиспускательного канала, реже наблюдается воспаление всего канала или задней его части.